“খুলনা” নামকরণের উৎপত্তি সম্বন্ধে নানান মত রয়েছে।সবচেয়ে বেশী                            আলোচিত  মতগুলো হলো ঃ মৌজা ‘কিসমত খুলনা’ থেকে খুলনা; ধনপতি           সওদাগরের দ্বিতীয় স্ত্রী খুল্লনার নামে নির্মিত ‘খুল্ল­নেশ্বরী কালী মন্দির’ থেকে     খুলনা; ১৭৬৬ সালে ‘ফলমাউথ’ জাহাজের নাবিকদের উদ্ধারকৃত রেকর্ডে     লিখিত ঈঁষহবধ, শব্দ থেকে খুলনা। ইংরেজ আমলের মানচিত্রে লিখিত 
    ঔবংংড়ৎব-ঈঁষহধ’ শব্দ থেকে খুলনা,- কোনটি সত্য তা গবেষকরা     নির্ধারণ  করবেন। তবে খুলনা পৌরসভার জন্ম বৃত্তান্তে আসতে গেলে দেখা     যায় যে, খুলনা পৌর এলাকা অতীতে জসর(যশোর) জেলার মুরলী থানার     অর্ন্তগত ছিল। পরে রূপসা নদীর পূর্ব পাড়ে তালিমপুর, শ্রীরামপুর     (রহিমনগর) এর কাছে সুন্দরবনের জঙ্গল কেটে নতুন থানা স্থাপন করা হয়     এবং নাম দেওয়া হয় নওবাদ (নয়াবাদ)।

কারো মতে এ নতুন থানা ১৭৮১ খ্রিঃ আবার কারো মতে ১৮৩৬ খ্রিঃ সৃষ্টি হয়। ১৮৪২ সালে খুলনা মহাকুমার জন্ম হয়। উল্লক্ষ্যে, তখনকার অবিভক্ত বাংলার প্রথম মহাকুমা হলো খুলনা।পরে তার পরিধি সম্প্রসারিত হয়ে বর্তমানের খুলনা ও বাগেরহাট জেলা দুটি নিয়ে ছিল খুলনা মহাকুমা। ১৮৬৩ সালে বাগেরহাটে স্বতন্ত্র মহাকুমার কার্যালয় স্থানান্তরতি হয় এবং ১৮৪৫ সালে সেখানে প্রথম দালান কোঠা ওঠে যা আজকে জেলা প্রশসকের বাসভবন। প্রথম প্রশাসক ছিলেন ডেপুটি মিঃ শোর এবং দ্বিতীয় মহকুমা হাকিম ছিলেন সাহিত্যকি বঙ্কিমচন্দ্র চট্টোপাধ্যায়। তিনি এই বাসভবনে বসে তাঁর উপন্যাস “দুর্গেশ নন্দিনী” রচনা করেছিলেন।

পরে ১৮৮২ সালের ২৫ এপ্রিলের সরকারী বিজ্ঞপ্তি অনুযায়ী খুলনা জেলার জন্ম হয় এবং তৎকালীন যশোর জেলার খুলনা ও বাগেরহাট মহাকুমা দুটি এবং ২৪ পরগণা জেলার সাতক্ষীরা মহাকুমা নিয়ে ঐ সালের ১ জুন থেকে এ নতুন জেলার কাজ শুরু হয়। প্রথম জেলা ম্যাজস্ট্রিটে ছিলেন মিঃ ডব্লুউ, এম, ক্লে- তার নামানুসারে শহরের ক্লে রোড হয়েছে।
খুলনা, জেলা শহর হলেও একথা অনেকের জানা নেই যে, এ জেলার প্রথম মউিনসিপ্যিালটিি হলো সাতক্ষীরায় ১৮৬৯ সালের ১ এপ্রিল। জেলার দ্বিতীয় মউিনসিপ্যিালটিি হলো দেবহাটায় ১৮৭৬ সালে এবং তা ১৯৫৫ সালে বাতিল হয়ে  ইউনিয়ন বোর্ডে পরিণত হয়।
জেলার তৃতীয় মিউনিসিপ্যালিটি হলো ১৮৮৪ সালে খুলনা শহরে। ১৮৮৪ সালের ১৬ ডিসেম্বর মিউনিসিপ্যালিটির দ্বিতীয় সভায় ভাইস চেয়ারম্যান  বাবু কৈলাসচন্দ্র কাঞ্জিলালের বাড়ি সত্যচরণ হাউস এ সাময়িক ব্যবস্থা হিসাবে মিউনিসিপ্যালিটির অফিস স্থাপন করা হয় এবং সেখানে কাজ চলতে থাকে। সে ভবনের অস্তত্বি আজ আর নেই, তবে কারো কারো মতে ভবনটি বর্তমান পৌর ভবনের কাছে ছিল।